1974 yılında Rize Çayeli’nde doğdu. İlköğrenimini Rize’de, lise eğitimini Sakarya’da tamamladı. 1995 yılında Gazi Üniversitesi İletişim Fakültesi Halkla İlişkiler ve Tanıtım Bölümü’nden mezun oldu. 2002 yılında da Gazetecilik Anabilim Dalı’nda Yüksek Lisans yaptı.

Sırasıyla, İçişleri Bakanlığı, TBMM, Adalet Bakanlığı, Sanayi ve Ticaret Bakanlığı, RTÜK, Başbakanlık gibi birçok kurumda yöneticilik yaptı. Anadolu Ajansı’nda Genel Müdür Yardımcılığı görevinde bulundu. Aile ve Sosyal Politikalar Bakanlığında Müsteşar Yardımcısı ve Müsteşar olarak görev yaptı.

6112 sayılı Radyo ve Televizyonların Kuruluş ve Yayın Hizmetleri Hakkında Kanunun 35’inci maddesi uyarınca Türkiye Büyük Millet Meclisi Genel Kurulunun 16.10.2017 tarihli ve 8’inci Birleşiminde yapılan seçim sonucunda Radyo ve Televizyon Üst Kurulu Üyeliğine seçilmiştir.

Üye olarak bir süre görev yaptıktan sonra 23.01.2019 tarihinde yapılan seçimle Üst Kurul Başkanı olan ŞAHİN, evli ve Zeynep Melike ile Ahmet Burak’ın babasıdır. Ebubekir ŞAHİN, İngilizce bilmektedir.

TBMM tarafından 10 Ekim 2023 tarihinde gerçekleştirilen oylamada ikinci kez Radyo ve Televizyon Üst Kurul Üyesi olan ŞAHİN, 18 Ekim 2023 tarihinde ise dördüncü kez Üst Kurul Başkanı olarak seçildi.